Grube wird 1264 erstmals urkundlich erwähnt. Das Rittergut der von der Groebe(r)n besteht bereits vor 1349 und befindet sich von ca. 1400 bis zur Mitte des 17. Jh. im Besitz der Familie Falcke zu Grobe und Satzkorn.
Nach dem Konkurs des Caspar Joachim von Falcke 1660 kauft der Große Kurfürst Friedrich Wilhelm von Brandenburg das Dorf und das Rittergut aus der Konkursmasse.
Dorf und Gut werden an das Amt Potsdam übergeben, welches es als "Domäne Grube" mit dem Gut Bornstedt zusammen verpachtet. König Friedrich Wilhelm I. überweist im Jahre 1734 Dorf und Gut an das 1722 gegründete Große Potsdamer Militärwaisenhaus (zusammen mit Bornstedt, Pfauenwerder, Geltow, Gallin, und Pirschheide).
1745/46 wird die jetzige Kirche als rechteckiger Saalbau aus Backstein errichtet.
Der letzte Pächter der Domäne Grube Manfred Ries wurde 26.4.1945 von russischen Soldaten auf dem Gut erschossen und ist in Bornim auf dem Soldatenfriedhof begraben worden. Im Zuge der Bodenreform 1945-1950 wurde das Gut zerschlagen und an Neubauern verteilt.
Seit 1993 ist die Gemeinde der Stadt Potsdam angegliedert.